Begonnen hat die Lehre in der Afrikanistik in Mainz im Jahre 1946 mit Eugen Ludwig Rapp, Professor für Christliche Orientalistik an der Evangelisch-Theologischen Fakultät. Eine eigene Professur am Institut für Ethnologie wurde jedoch erst nach Rapps Emeritierung 1972 eingerichtet, damals unter dem Namen „Afrikanische Philologie“, die 1974 mit dem Bantuisten Leo Stappers besetzt wurde. Bedingt durch dessen Tod im Jahr 1977 kam es bereits 1978 zu einem Wechsel: Paul de Wolf (Bantu- und Sudansprachen, Oratur) übernahm die Professur bis 1982. Sein Nachfolger, Norbert Cyffer, hatte die Professur dann zehn Jahre inne, von 1984 bis 1994, dem Jahr, in dem er einem Ruf nach Wien folgte. Seit 1996 war die Professur durch Raimund Kastenholz (Mande, Adamawa) besetzt, der 2018 pensioniert wurde. Der Namenswechsel des Lehrstuhls in „Afrikanistik“ erfolgte mit dem Amtsantritt von Nico Nassenstein (Bantu) im Jahre 2017. Während Kastenholz seinen Themenschwerpunkt in der Typologie und der funktionalen Grammatik hat, ist Nassenstein vorrangig im Bereich der Soziolinguistik tätig und gibt der Mainzer Afrikanistik dadurch eine neue Richtung.
Im Rahmen der Allianz der Rhein-Main-Universitäten (RMU), die die Institute für Afrikanistik der Goethe-Universität Frankfurt am Main, der Johannes Gutenberg-Universität Mainz und der Technischen Universität Darmstadt umfassen, haben Nico Nassenstein in Kooperation mit Axel Fleisch, der seit 2018 die Professur in Afrikanistik am Frankfurter Institut innehat, einen neuen B.A. Afrikanische Sprachen, Medien und Kommunikation aufgebaut. Durch die Bündelung des Lehrangebots der beiden Institute ist es möglich, ein breiteres Spektrum an afrikanischen Sprachen und Inhalten (Soziolinguistik, Anthropologische Linguistik) anzubieten. Die empirische Sprachwissenschaft wird den Studierenden jedoch auch weiterhin als Kernkompetenz vermittelt.