Christoph Günther hat Islamwissenschaft, Geschichte und Arabistik an den Universitäten Bamberg und Kairo studiert und wurde 2013 in Leipzig im Fach Islamwissenschaft promoviert. Seine Forschungsinteressen gelten religiösen, sozialen und politischen Bewegungen in der arabisch-islamischen Welt, visueller Kultur und Ikonographie sowie religionssoziologischen Fragestellungen.
Am Institut für Ethnologie und Afrikastudien leitet er die Nachwuchsforschergruppe Dschihadismus im Internet, die vom Bundesministerium für Bildung und Forschung für fünf Jahre gefördert wird. Zusammen mit zwei PostdoktorandInnen und drei DoktorandInnen aus den Fachbereichen Islamwissenschaft, Medien- und Filmwissenschaft sowie Ethnologie wird Christoph Günther erforschen, wie dschihadistische Bewegungen mittels Bildern und Videos kommunizieren. Die Gruppe wird auch untersuchen, wie verschiedene Publika diese kommunikativen Angebote aufnehmen und in welcher Weise sie sich diese visuellen Botschaften aneignen, transformieren und in den kommunikativen Prozess zurückspielen.
Vor seiner Zeit am Institut für Ethnologie und Afrikastudien war Christoph Günther wissenschaftlicher Mitarbeiter am Max-Planck-Institut für ethnologische Forschung in Halle (Saale). Dort verfasste er seine zweite Monographie, in der er der der Konstruktion eines spezifischen Identitätsangebotes durch den Islamischen Staat (IS) nachgeht und das symbolische Repertoire beleuchtet, das diese religiös-politische Bewegung in den vergangenen zehn Jahren entwickelte. Darüber hinaus hat Christoph Günther einschlägig und umfangreich zu Evolution, Ideologie und politischer Ikonographie des Islamischen Staates und seiner Vorgänger publiziert.